Patagonien verfügt generell über eine sehr reiche Tierwelt. Im hochandinen Bereich kann man besonders den majestätischen Kondor bewundern und während des Sommers dient diese Region als Zufluchtsstätte für den vor dem Aussterben bedrohten Gabelhirschen (auch: andiner Hirsch).

Im Bereich des feuchten Waldes und im Bereich des Übergangs leben Säugetiere wie der Zwerghirsch, die Katze huiña und der Bergaffe. Ausserdem kann man hier Amphibien und Vögel wie den schwarzen Specht, den Chucao, den Rayadito und den australen Wellensittich beobachten.

Die Steppe ist trotz ihrer Trockenheit ein geeigneter Lebensraum für Guanacos, Füchse, Pumas und verschiedene Arten von Nagetieren und Eidechsen, die hier einen guten Platz für ihre Entwicklung vorfinden.

Weiter im Süden ist die Fauna reich an Seevögel und Landsäugetiere. Hier sind hervorzuheben der Fuchs, das Guanaco, der Rothirsch, der Hase und der Biber.

Es gibt aber auch Tiere wie den andinen Hasen oder Pampashase, Puma, Zwerghirsche, Schafe der Rasse Rommey Marsh (diese wurden im 19. Jahrhundert aus England eingeführt und besitzen ein dichtes und feines Fell), australisches Merino (Río Negro und Chubut), argentinisches Merino (Río Negro und Santa Cruz), Corriedale (diese wurden aus Neuseeland eingeführt und leben im Feuerland und Santa Cruz), Lincoln (Neuquén, Río Negro und Chubut) und Karabul (in der patagonischen Region).